Система команд mips64 это тот же намор mips32, дополненный несколькими десятками инструкций для обработки "широких" 64-битных регистров. Управляющие регистры, MMU и контроллер прерываний тоже совместимым образом расширяются.

Например, можно линковать 32-битные библиотеки к 64- битным объектникам.

Да, в первом приближении hyperthreading близок к MIPS MT. Но есть и важные отличия. Например можно специальной инструкцией YIELD остановить поток на ожидаии внешнего сигнала (прерывания). При появлении сигнала поток продолжает выполняться со следующего такта процессора. Не нужен ни переход на вектор прерывания, ни сохранение- восстановление контекста. Вешаем на каждое irq по потоку (а их до девяти штук), и получаем систему ну очень реального времени. :)