Я два раза переводил Debian с 32 на 64 поэтапно. С перезагрузкой, конечно, но без переинсталляции и переформатирования.
Это возможно, хотя утомительно.
Особенно потом вытереть остатки ненужных, но цепляющихся друг за друга зависимостями пакетов.