За уровнями и защитой сигналов надо следить, конечно. Но гальваническая развязка, по моему опыту, при отладке на столе некритична. Разве что если в цеху, отлаживая станок, с непонятным заземлением и силовой электроникой рядом.

Я насчёт нехитрых jtag сигналов - если бы так, проекты типа OpenOCD вряд ли распухали до размеров чуть ли не ядра Линукса. :)