Софт от производителя работает стабильнее всего. К примеру, вот шелл-скрипт, который грузит прошивку Xilinx в плату Basys3: https://github.com/sergev/vak-opensource/blob/master/hardware/basys3/buttons-and-leds/program-device.sh

Там вызывается vivado и выполняется TCL скрипт: https://github.com/sergev/vak-opensource/blob/master/hardware/basys3/buttons-and-leds/program.tcl

Фунциклирует намного проще и надёжнее, чем тот же OpenOCD.